Dalam beberapa tahun terakhir, dunia mengalami berbagai masalah yang mengancam kehidupan yaitu krisis pangan, energi dan lingkungan. Tumpuan untuk mengatasi berbagai krisis tersebut demi keberlanjutan kehidupan itu ada pada pertanian. Pertanian berperan penting sebagai penghasil bahan pangan dan berbagai bahan baku industri. Pertanian juga mampu menyediakan bahan baku sumber energi alternatif. Pertanian (tanaman) berperan penting sebagai sumber bahan organik awal rantai kehidupan, konsumen CO₂ dan penjaga keseimbangan alam.

Islam datang sesuai dengan tuntutan zaman, untuk memberi makna dan rahmat bagi seluruh alam serta menjadi sumber motivasi kehidupan manusia untuk meningkatkan kualitas hidup. Islam sebagai agama rahmatan lil ’alamin, telah memberikan tuntunan dan ajaran yang luas agar umat manusia mempunyai tanggung jawab moral melestarikan alam semesta, karena ”Bumi adalah Rumah Kita”.

Fakultas Pertanian UMY hadir dengan visi menjadi Fakultas yang unggul dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi bidang pertanian berlandaskan nilai-nilai Islam tahun 2025 se-Asia Tenggara. Hal ini sejalan Al-Qur’an bahwa Allah akan meninggikan derajat orang-orang berilmu pengetahuan (QS. Ali Imran : 104) dan Allah telah memberikan alam semesta beserta isinya sehingga manusia berkewajiban untuk mengelola dengan sebaik-baiknya (QS. An Nahl : 10).

Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Yogyakarta menetapkan keunggulannya sebagai Pendidikan Tinggi Pertanian Berwawasan Islam. Internalisasi nilai-nilai keislaman dalam kehidupan akademik dan sosial di Fakultas Pertanian UMY diharapkan menjadi keunggulan dan ciri khas (pembeda) dengan PTP lainnya. Keunggulan ini didukung oleh adanya komitmen dari civitas akademika, landasan ipteks dan agama yang kuat, dan suasana akademik sehingga mencerminkan nilai akademis dan religius.

Fakultas Pertanian menaungi dua Program Studi yaitu Agroteknologi dan Agribisnis. Visi dari Program Studi Agroteknologi yaitu Menjadi Program Studi Agroteknologi terkemuka pada tahun 2021 yang berwawasan Internasional serta memiliki keunggulan ilmu pengetahuan dan teknologi pertanian sebagai implementasi ke-Islaman dan ke-Taqwaan. Sedangkan visi dari program studi Agribisnis yaitu menjadi program studi yang unggul dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang Agribisnis berlandaskan nilai-nilai Islam tahun 2025 se-Asia Tenggara.